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暑假实录 泡在模拟和文库设计里的科研日常

作者: 孙梓郡   审核人: 高留才   文章来源: 海洋与生物工程学院    点击数:   发布时间: 2026-09-04

在余晓红教授和秦鸣蔚博士的指导下,我的暑假是沉浸式扎根科研,整个假期几乎全部泡在课题里,日复一日看文献、改方案、做模拟。科研从来不是一蹴而就的实验结果,更多的是前期漫长、枯燥、反复打磨的积累。比起急于求成推进进度,我更愿意沉下心夯实基础,稳步积攒科研能力,为后续自主研究做好万全准备。

我的课题主要围绕小分子适配体展开。它是一类能够精准识别、特异性结合靶标的单链核酸序列,凭借高特异性、易修饰、稳定性强的特点,在生物检测、药物研发等领域拥有非常广阔的应用前景,也是我现阶段主攻的核心研究方向。

这个假期最大的工作量,就是系统梳理文献、攻坚适配体文库设计。结合两位导师给出的思路建议,我反复对比多种发夹文库结构,不断探索结构的可行性。针对PCR偏倚、序列截断突变、结构不稳定等常见科研难点,一次次推翻、复盘、优化设计逻辑,慢慢完善整套SELEX筛选方案。看似没有直观进展,实则每一次打磨,都在为后续实验避开无数坑点,筑牢课题理论基础

除了课题方案设计,我利用假期时间重点学习分子对接技术。为了熟练掌握完整操作流程,我参考已有成熟实验体系进行复现练习,复刻核酸-小分子对接模型,完成对接初筛、结合位点分析、自由能核算等全套操作。通过对标成熟的科研成果,快速熟悉模型搭建逻辑,了解分子对接的核心思路,积累扎实的实操经验。遇到困惑时也会向秦老师请教参数设置与结果解读的要点。

在对接学习的基础上,同步深耕GROMACS分子动力学模拟的实操训练。自主搭建模拟体系,反复调试各项参数、排查程序报错、优化模拟环境,细致观测复合物构象波动、氢键动态变化与整体结构稳定性。在不断试错和实操中,熟练掌握整套模拟流程与数据分析逻辑,系统补齐了分子模拟的技术短板,丰富了自己的科研技能储备。

这个暑假没有浮躁的赶路,只有安静的沉淀与学习。一边打磨属于自己课题的前期理论方案,一边深耕分子对接与动力学模拟核心技术。以学习积累、练手沉淀为主,稳步提升科研实操能力,踏踏实实完成所有前置铺垫,慢慢建立起对整个研究体系的掌控感。

慢慢来,每一步深耕,都算数。